대선을 앞두고 일부 대선주자들이 검찰과 경찰의 수사구조 개편을 핵심 개혁사안으로 거론하면서 이 문제가 정국의 핵심 쟁점으로 재부상하고 있다. 수사권과 기소권의 소재를 둘러싼 검·경 수사권 조정논란은 이미 20년 이상 된 해묵은 논쟁 사안이다.

우리나라 수사구조 문제의 핵심은 검찰의 ‘수사권과 기소권의 독점’에 있다. 
검사가 독점적 기소권과 더불어 막강한 수사권을 갖고 있어 '권한남용 · 부패비리 · 전관예우 등의 폐혜를 낳는다. 따라서 국가권력은 그 기능을 분리하는 쪽으로 발전해왔고, 오랜 권력분립의 역사를 거쳐, 오늘날 대부분의 국가는 수사, 기소, 재판으로 기능을 나누고, 이를 경찰, 검찰, 법원에 분산하고 있다.

그럼에도 우리나라 수사구조는 수사와 기소가 완전히 통합된 전근대적인 모습을 유지하고 있는데, 주요 선진국과 비교해도 우리와 같은 입법례는 전무하고, 심지어 헌법에 검사 영장신청권을 규정한 것은 우리나라가 유일하다.

 우리나라 수사구조 문제점 중 특히, 검사의 ‘독점적 영장청구권’은 경찰수사에 부당하게 개입하는데 사용하거나 수사지휘권을 강화하기 위한 수단으로 남용한다는 지적이 있음에도 검사의 영장 불청구에 대해 경찰의 이의제기 수단이 없어 검사의 자의적 판단으로 경찰수사가 무력화되는 사례가 많았다.

 이와 같은 현행 검사의 독점적 영장 청구권에 대하여 경찰청 수사구조개혁단에서 실시한 일선 경찰관 상대 설문조사(2012년) 결과를 보면,
- 검사의 부당한 영장 기각 관련, 응답자의 61.6%가 검사로부터 부당하거나 납득하기 힘든 이유로 영장을 기각당해 본적이 있다고 응답하였고, 이들 중 91%는 검사의 그러한 영장 기각으로 인해 진행 중인 사건수사에 차질을 빚었다고 응답.

- 영장 기각이 외부청탁 및 경찰 수사방해 등 순수하지 못한 의도로 비롯되었다고 생각하는 비율은 46.3%에 불과하였으나, 전관 변호사 등 소위 힘 있는 변호사가 선임될 경우, 검사의 영장 기각에 영향을 미칠 수 있다고 생각하느냐는 85.8%가 그러하다고 응답.

- 영장 신청 시 부당하게 영장을 기각하면서 보강수사를 지휘한 경우와 관련, 응답자의 55%가 그러한 경험이 있다고 응답하였고, 그 중 98.3%가 그로 인해 수사에 차질을 빚었다고 대답한 반면, 보강수사가 수사에 도움 되었다는 응답은 9.6%에 불과.

- 과반수(51.5%)의 응답자는 영장 관련 검사의 지휘가 부당하더라도 검사와의 마찰 등을 우려하여 이의제기 하지 않는다고 응답했으며 이의 제기 하더라도 검사가 이를 수용한 경우는 22.4%에 불과하고

- 설문에 참여한 대부분의 응답자(82.2%)는 검사의 독점적 영장 청구권을 폐지, 경찰이 직접 법원에 영장을 신청할 수 있어야 한다고 응답한 것으로 나타났다.

이와 같은 문제의 근본적인 해법은 검사에게 집중된 ‘수사권·기소권 분리’이다. 형사사법시스템의 선진화라는 관점에서, ‘수사·기소를 분리’하고 ‘수사는 경찰, 기소는 검찰’이 담당하는 영미식 수사구조가 바람직하다.

 경찰은 수사전문가로서 책임수사 실시, 검사는 법률전문가로서 경찰수사를 객관적 입장에서 통제하는 상호 견제·균형 관계 정립되어야 한다.

이를 통해 형사사법 구조를 수사·기소·재판의 3단계로 구분, 분권화하여 헌법 원리인 권력분립 가치를 구현하여야 한다.

법관의 영장발부를 반드시 검사의 신청에 의해서만 가능하도록 한 것은 국민의 신체의 자유를 보장하기 위한 헌법상의 영장주의와 직접 관련이 없고, 영장 신청권자를 누구로 할 것인지는 헌법 정책적 문제라기보다는 법률 정책적 문제로 접근하는 것이 바람직하기 때문이다.